Estructura del virión

 La parte central de la nucleocápside contiene el genoma viral (ARN monocatenario negativo), proteínas estructurales y tres enzimas: transcriptasa inversa (ADN polimerasa y ribonucleasa), integrasa, proteasa. La envoltura que lo rodea está compuesta de lípidos (derivados de la célula huésped), y glicoproteínas virales (gp120 y gp41).

Genes estructurales

Gag: codifica los componentes proteicos de la parte central interior del núcleo viral.
Pol: enzimas: transcriptasa inversa (RT) y proteasa (PR) que  son los objetivos principales de los fármacos antivirales; integrasa (IN) que contiene NLS. Además la RT es responsable de la mutación viral.
Env: envoltura viral (glicoproteínas de superficie (gp120/SU), transmembrana (gp41/TM)). El gp120/SU se une al receptor CD4 y el TM se funde con la membrana celular.

Genes de transactivación: genes esenciales para la replicación in vitro:

Tat:  transactivador de la transcripción viral, se une a la región afín Tar del ARN, acelerando la transcripción viral.
Rev: regula la expresión viral, se une a una región afín RRE del ARN, regula el transporte y la unión de las secuencias del ARN viral.

Genes accesorios: genes no esenciales para la replicación viral in vitro.

Nef: factor negativo que disminuye la actividad de los CD4; MHC-I; se une a las quinasas celulares, esencial para la inducción de la enfermedad in vivo.
Vpu: proteína viral desconocida que regula a la baja el CD4, MHC-I; promueve la liberación viral.(solo en el VIH-1)
Vif: factor de infectividad viral que  facilita la maduración del virión.
Vpr: proteína viral regulatoria que detiene la proliferación celular, contiene un NLS.
Vpx: proteína viral X (solo en los VIH-2) que permite la inefcción de los macrófagos y la diseminación viral.

Las diferencias estructurales entre el VIH-1 y el VIH-2 son los genes accesorios ya que el VIH-1 contiene el Vpu mientras que el VIH-2 contiene el Vpx

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